工程款纠纷占比最高，常见情形包括：发包人拖延结算、以各种理由扣减价款、合同约定"以审定为准"引发争议。
《建工司法解释（一）》第19-22条对工程价款的确定提供了明确规则：当事人对工程量有争议的，按施工过程中形成的签证等书面文件确认；合同对计价标准或计价方法有约定的，按约定结算。
实务建议：签证单是工程款结算的核心证据！施工过程中务必让监理方或发包方代表签字确认工程量变更。
工期延误的责任方认定直接影响违约金和索赔金额。实践中发包人常以工期延误为由克扣工程款。承包人应区分"自身原因延误"和"发包人原因延误"：发包人未及时提供施工条件、未按时支付工程进度款、频繁变更设计等导致的延误，承包人不承担责任。
《民法典》第801条规定：因施工人的原因致使建设工程质量不符合约定的，发包人有权请求施工人在合理期限内无偿修理或者返工、改建。经过修理或者返工、改建后，造成逾期交付的，施工人应承担违约责任。
但需注意"质量缺陷"与"质量通病""设计缺陷"的区别。不是所有质量问题都是施工方的责任。
转包、违法分包情形下，实际施工人（往往是包工头或农民工班组）如何追索工程款？《建工司法解释（一）》第43条赋予实际施工人突破合同相对性，直接起诉发包人的权利，但发包人仅在欠付工程款范围内承担责任。
《民法典》第807条规定：发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期不支付的，承包人可以请求人民法院将该工程依法拍卖，并就拍卖价款优先受偿。注意：优先受偿权的行使期限为18个月（自发包人应给付工程款之日起算）。
必须招标而未招标、承包人无资质或超越资质等级、转包和违法分包等情形下，合同可能被认定无效。但合同无效不等于不用付款——《民法典》第793条规定：建设工程施工合同无效但工程验收合格的，可参照合同约定折价补偿。